日本の一商社・旭日重工（あさひじゅうこう）の社員だった岡島緑郎は、会社の機密ディスクを運ぶ任務中、南シナ海で違法な運び屋・ラグーン商会にディスクを奪われ、自らも拉致されてしまった。
ラグーン商会（というかレヴィ）の狙いは、旭日重工から岡島の身代金を取ることだったが、機密の漏洩を懸念した会社と彼の上司・景山は、会社のためにはやむを得ずとして彼をディスクもろとも抹殺せんと画策し、傭兵部隊に商会を襲わせる。
自分が旭日重工から見捨てられたことを知った岡島は、ラグーン商会のメンバーにアイディアを提案し、この危機を脱することに成功する。
その後、景山は再会した岡島に対し、何事も無かったかのように旭日重工への帰還を促す。しかし岡島は「俺はもう死んでるんですよ。あんたがそう言った」と不信感を露にすると、「俺はロックだ!」と名乗り、帰還を拒否。
かくして、ラグーン商会の見習い水夫となった岡島ことロックは、ラグーン商会の船「ブラック・ラグーン号」に乗り込み、危険な任務に従事するようになる。
非情な世界に生きながら、商社マン時代の甘さを捨てられないロック。しかし、それでも彼は任務をこなす度、確実に人間として成長していくのだった・・・。
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